Es la prueba más importante para el diagnóstico de las enfermedades del colon, entre ellas la Colitis Ulcerosa y la Enfermedad de Crohn. En la enfermedad de Crohn es necesario seguir ascendiendo con el colonoscopio hasta el ciego aunque no se vean anomalías en los primeros tramos del colon.

Se inicia la colonoscopia con un tacto rectal y se introduce por el ano un colonoscopio. La persona se acuesta sobre su costado izquierdo con las rodillas flexionadas hacia el tórax.

Se le inserta el colonoscopio a través del ano y se avanza suavemente hasta la parte más baja del intestino delgado.

El colonoscopio es un tubo flexible con una cámara en su extremo. El colonoscopio es una pequeña cámara adherida a una sonda flexible.

La colonoscopía puede ser llevada a cabo bajo sedación, lo que evita molestias innecesarias al paciente, entrando este en un un estado que permite realizar el estudio en donde no experimenta molestias.

Previamente a su realización, es indispensable una limpieza completa del intestino, para lo cual estará indicado por el médico el uso de enemas, y una dieta especial durante dos o tres días antes del examen.