Se inicia la colonoscopia con un tacto rectal y se introduce por el ano un colonoscopio. La persona se acuesta sobre su costado izquierdo con las rodillas flexionadas hacia el tórax.

Se le inserta el colonoscopio a través del ano y se avanza suavemente hasta la parte más baja del intestino delgado.

El colonoscopio es un tubo flexible con una cámara en su extremo. El colonoscopio es una pequeña cámara adherida a una sonda flexible.

La colonoscopía puede ser llevada a cabo bajo sedación, lo que evita molestias innecesarias al paciente, entrando este en un un estado que permite realizar el estudio en donde no experimenta molestias.